カブトムシと心を通わせることのできる子ども達の出現により、カブトムシ相撲『ビートルバトル』が世界中で空前の大ブームとなっていた。
その輪の中に入れない気弱な少年コウタだったが、卵から育てたカブトムシ『カブ郎』とタッグを組み、熱いバトルを展開。仲間を増やしていく。
そしてついにコウタとカブ郎はビートルバトル日本代表に選ばれる。舞台はオオサキタウン。いま怒涛のビートルバトル世界大会が始まる!
果たして優勝するのは―!?
空前のカブトムシ相撲ブームが起きている架空の世界のお話。世界各地にカブトムシと心を通わせることのできる特別な能力、通称「カブトムシンクロ」を持った子ども達が数十年ぶりに現れはじめる。その「カブトムシンクロ」を用いてカブトムシを闘わせる競技を「ビートルバトル」と呼び、ビートルバトルに参加する子ども達は「ビートルバトラー」と呼ばれ憧れの的になっている。また一方でビートルバトラーを軍事目的や犯罪目的で悪用しようとする謎の組織の存在も確認されている。